для одинаковых версий (6.5 на 6.5 и 7.0 на 7.0)

yum clean all 
yum update -y 

sh /script/cleanup - делает автоматом не всегда, только при глюках запускать! - делает FIX all

reboot - ну и не забываем сделать рестарт сервера

P.S. - проверяуте совпадение версии ядра LINUX - для виртуалок типа DigitalOcean, необходимо заменить версию ядра в настройках сервиса